怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱,特殊防卫队Xio的队员大空大地(高桥健介 饰)被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。
故事发生在林德·沃姆市,那里人类和怪物共存。格伦(图奇猎鹰配音)是一位活跃在这里的新医生。对于他的职业生涯,格伦有着崇高的追求。尽管他年纪轻轻就缺乏丰富的医疗经验,但他总是以自己的真诚对待病人,无论他们有多奇怪。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。