2075年，随着人类对太空的不断开发，太空垃圾成为了社会问题。这些被废弃的卫星、火箭零件之类的碎片围绕着轨道运转，危及周围的太空站和航天船的安全。星野八郎太（田中一成 配音）所在的残骸课，就是专门负责回收或清除太空垃圾的部门。
在剧场版动画「舰队Collection」的官网上，公开了一段特报视频。在这段45秒的视频之中，收录了舰娘们战斗的场面，TV版登场的吹雪、睦月、夕立之外，鸟海、加古等也一并登场.
主角祥子是一名在流星学院学习的中学生。自从五年前出国留学以来，她的妹妹祥子就一直下落不明，她和祥子很亲近。一天，一个不明身份的人突然袭击了祥子。袭击她的是邪恶之神厄里斯的部下，厄里斯过去曾被女神雅典娜封印。
