为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
脑子缺根弦儿的九能带刀（鈴置洋孝 饰）路过邪马台古董店，在店内看到了极为珍贵的凤凰蛋。传说只要拥有这枚蛋，便可领会到威力无比的魔剑凤凰剑。为了打败宿敌乱马（山口勝平 饰），成为至高无上的强者，九能强买下凤凰蛋。
