1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
故事发生在地处偏远的小岛“浦岛”上,虽然那里风景如诗如画民风淳朴又自由,但世世代代都生活在那里的原住民们,他们被曾经发生过的事情和古老的繁文缛节所限制。随着时间的推移,无法看到未来希望的居民们开始自暴自弃。