《堀桑与宫村君》以片桐高校为舞台,女主角是有着华丽的外表,同时成绩优秀、家务万能的人气美少女堀京子。某天,她弟弟创太受伤之后被陌生的“耳环男”送了回来,而这华丽耳环男的实体竟然是班上“天然无神经”的土气男生宫村伊澄。
七年后,降龙重生为“新降龙”,一座绝对防御的城市。它以惊人的速度进化,成为人类对抗面临灭绝危险的B.R.A.I的最后一座希望堡垒。在命运的带领下,聚集在新降龙、雷昂、柯一、昆凌和道格。塞西尔、凯恩、杰伊和格伦欢迎他们加入国防军。于是,赌上人类生存的特种部队“潘多拉”诞生了。在签订合同时,希望寄托在他们身上--