一个废弃的神社——这就是玉英提到的住所。奈奈生有意识地爱上了它,但没有其他地方可去。更让她惊讶的是,玉英实际上是神社的土地神,而现在,土地神的头衔自然也随着住所转移到了乃乃生的头上。莫名其妙的是,她成了土地之神,在她身边出现了称她为“主人”的神使巴卫(李华深之配音)。奈生还没来得及弄清楚情况,各种可爱调皮的神就纷纷降临到她身上。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?