就这样，对世俗事务完全陌生、对成为辣妹抱有无限幻想的若叶，变成了一名普通的女高中生。性格天真无知，厨艺精湛的志田敏子（井上美子配音），一向遵循自己想法的酷女孩黑川真纪（石藤真友配音），以及有着非凡运动天赋但痴迷于腐败女性世界的引人注目的女孩直加正史（村川理一配音）。在她的新学校里，Wakaya很快就交到了三个朋友。
1970年，圣诞节前夕。妓女伊莎贝尔（佩内洛普·克鲁兹饰演）即将分娩。在紧急状态下，皮条客牺牲了自己的生命来停车，结果她在车里生下了一个儿子，名叫维克多。20年后，维克多爱上了与他有染的女孩埃琳娜，但在约会中被放弃了。
故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
