ゲームと医療で人々を救う平成仮面ライダーシリーズ「仮面ライダーエグゼイド」のVシネマ版3部作の第3弾。劇場版「仮面ライダーエグゼイド トゥルー・エンディング」から2年後の世界を舞台に、悪の根源・檀黎斗が放つ新たな脅威に立ち向かうライダーたちの活躍を描く。新ガシャット「ゴッドマキシマムマイティX」を手にした檀黎斗が仕かける最後のゲーム「ゾンビクロニクル」により、世界中が大パニックに陥ってしまう。強大なパワーを得た黎斗を止めるカギの存在に気付いた貴利矢は、正宗から託された言葉を胸に、たった1人でゲンムに立ち向かう。
虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
