故事发生在一座平凡小镇。樱丘高中三年级学生榎本夏树(户松遥 配音)一直喜欢从小一起长大的好友濑户口优(神谷浩史 配音),虽然两人相处融洽,可是她一直不能鼓起勇气向对方告白。为此夏树常常以优为目标,反复进行告白练习。镇心镇的青少年年满10岁后,即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi(松本丽香配音)的10岁男孩,以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标,即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到,差点失去了挑选神奇宝贝的资格。