在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
然而，只有一个人主动接近她，那就是爽子的同学——英俊而受欢迎的风早笑（郎川大辅配音）。由于向太的努力，学生们逐渐接受了爽子，爽子也意识到了同龄人应该有的幸福。时间已经过去，在昭子和相太的心中，生长出了某种难以言喻的情感。橙色的青春是如此难忘。。。这部电影改编自Kazumi Seizo的原创漫画。
普通的中学生卢木媛（由毕有木配音）有一个幸福的家庭，在生活中，她是一个温柔体贴的孩子。转学生小美彦（斋藤千和配音）的出现粉碎了小媛平静的生活，而这个又酷又病的黑直女孩似乎对小媛有着一些不言而喻的感情。
