从某一天起，隆基不再是一个人，而额外的“同伴”实际上是在他浴缸里寄宿的美人鱼若卡（由梅原裕一郎配音）。悲观短视的北科新木（津田健二郎配音）、不请自来的水母三国（花江夏树配音）、聪明的章鱼鹰巢（铃木代友配音）、反复无常的鲨鱼阿哈里。自从龙出现后，这些奇怪的海洋生物也开始陆续出现在龙的生活中。在这个过程中，龙姬和若谦之间的关系似乎变得越来越亲密。
安娜（达科塔·约翰逊饰）在出版业找到了一份很有前途的新工作，并准备开始她的新生活。格雷（杰米·多南饰）仍在对安娜进行热情的攻击。尽管安娜已经决定摆脱过去的物种，但她仍然无法抗拒格雷的魅力。最后，在格雷承诺他会做出改变后，安娜再次接受了他。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
