在他们过夜的那天晚上，野原一家遭到了一个神秘的忍者团体的袭击。辛志洙被绑架了。爱祖隐家是忍者的故乡，一个世代守护地球能量的家族，被称为“宁特鲁”。因此，地球的生存交给了忍耐方法的新帮助。
茵可暗恋着名为小直（上田佑司 配音）的男生，小直是茵可青梅竹马的玩伴，两人自幼便相识，为了能够待在小直的身边，茵可决定帮助小直补习他十分不擅长的英文，但前提是，茵可会变身为拥有超能力的魔法少女。 亭亭玉立温文尔雅的大小姐黑威澄（户松遥 配音）也同样喜欢着小直，她也拥有变身成为魔法少女的能力，猫君（桧山修之 配音）是她的魔法使。
谁知道呢，就在马刚弄清真相的时候，警察医院里的成人和儿童SPEC持有者被残忍地屠杀了。愤怒的丹玛无法抑制体内密封的SPEC，她勃然大怒，然后出现在帝国委员会。在Judas、Shigeru（井上春树饰演）和Rune（大岛裕子饰演）的见证下，Fatima的第三个预言实现了。恐怖而耀眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八英尺高的乌云覆盖着天空和太阳，为这个被欲望支配和毒害的世界迎来了毁灭的时刻。在命运的交汇点上，马和汾柳能阻止世界的毁灭吗？
