与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
令人惊讶的是，她的朋友病得很重，时间不多了。。。她唯一的愿望就是和“纽约州立大学”的成员们团聚！为了完成芹菜香的遗愿，娜美踏上了寻找昔日朋友的旅程
“魔神”，是善于控制人类心智的一种魔物，它们潜伏在人类的内心深处，待到最恰当的时机突然爆发，而这种爆发，对于人来来说，往往都意味着死亡。美夕正是用吸血的方式，将魔神驱逐出人类的身体再加以消灭。同时，作为美夕一直的敌人，冷羽（绪方美惠 配音）一直在其后紧追不舍。 在战斗的进程中，美夕渐渐发现，魔神并不是真正的敌人，真正的敌人是躲在魔神背后的操纵者，只有消灭了操纵者，才能够使人类获得永恒的救赎。而当操纵者的真面目出现在美夕面前时，美夕受到了极大的震撼。
