从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？ 这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？
故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就 是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。 不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠 配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选，一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。
作品描述身为班长（委员长）、并且拥有完美主义的主角「北神未海」，虽然暗恋着问题三人组之一的「东条潮」，却因为不断有人搅乱导致她至今无法告白。未海因为自己的事情搞的手忙脚乱，另一方面还要帮助其他人解决烦恼、并给他们完美的建议，《極上!!めちゃモテ委員長》就是描绘这些发生在主角周围大小事的高中校园作品。
