由于涉嫌用枪支威胁“守法好市民”，当初以史上最差成绩从警校毕业的小巡警菊川玲二（生田斗真 饰）正式被署长酒见路夫（吹越满 饰）宣布开除公职。当他怒不可遏之际，却得知自己已被选为卧底，潜入关东头号黑帮数寄矢会，搜集会长轰周宝（岩城滉一 饰）操纵制造与贩卖毒品的证据。在经受了魔鬼教练一美先生（远藤宪一 饰）的折磨蹂躏后，玲二从头到尾焕然一新，走进了数寄矢会所控制的俱乐部，在此用鲜血结识了一生的兄弟——有着疯蝴蝶之称的阿湖义组的若头日浦匡也（堤真一 饰）。当他总算迈入黑道大门时，来自关西的蜂乃巢会则图谋挑起一场东西黑道大战争。站在风口浪尖的玲二，此时早已没有抽身的机会…… 本片根据高桥升的同名漫画改编。
在一个崇高的世界里，拉瓦姆王国和天堂帝国之间爆发了一场旷日持久的战争。拉瓦姆的卡洛王子率领军队与敌人作战，一直希望战争能很快结束，并希望他能与远在圣马尔蒂利亚的未婚妻法娜（朱福盛华配音）结婚。
在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。
