2031年，由于作为下一代能源设备开发的“量子反应堆”的爆炸，世界发生了巨大变化。从地下传播的突然闪光吞没了城市建筑，覆盖了土地，最终，超越并融合了生物学、机械和植物的未知而独特的进化有机体“B.R.A.I”出现了。
为了改革医院工作人员的工作方式，百应会集团为朝日海滨医院成立了一支名为“夜间医生”的专职急诊医生团队，提供夜间服务。浅仓美月医生（南波义希饰演）选择在新的工作场所担任夜班医生。
然而，这种禁忌关系很快被北野的妻子（伊藤步饰演）发现，并引发了两人的激烈冲突。与此同时，餐馆老板杉崎（平山宏饰演）的出现也让四人的情感走向变得更加复杂。一方面，旧爱死灰复燃，另一方面，达成了“再也见不到对方”的协议。几个主角的命运再次交织在一起。
