世界受“魔甲虫”威胁,大地遭其占据,人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司,是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而,如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天,彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——?由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击,现在启动
现实对大雄来说总是很残酷,大雄并没因此而拥有强大的魔力,而且拥有魔毯是一件和奢侈的事情,而大雄家是支付不起的。另外,在这里,科学被视为迷信。著名的魔法研究者满月博士(中村正 配音)告知大家一个可怕的消息:魔界星不过多久便会完全接近地球。大雄想变回现实世界,但是“如果电话亭”早己被妈妈处理掉了。满月博士解读古文书后被捉走,逃亡的美夜子(小山茉美 配音)找到了大雄等人并得到他们的支持,大家一起出发至魔界星,解救博士…… 本片是哆啦A梦剧场版系类第一次用电脑图形CG绘画。