事实上,志士拥有夜之宠儿的特殊体质,可以在不知不觉中吸收外界散发的魔力,是一种非常罕见的物种。志实成为埃利亚斯的助手,利用他的超能力帮助他解决教会委托的任务。在这个过程中,埃利亚斯的温柔和体贴不断治愈了智慧世界的内心世界,智慧世界逐渐学会利用自己的能力改变周围的世界,让世界变得更美好。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技,希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,打扮宛若曾经的爱德华,与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式,连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。