不久的将来，美国总统布什第四次连任。他解散了国会，并将战争蔓延到世界各地。为了持续提供能源，政府开发了一种可以将人变成僵尸士兵的病毒。出乎意料的是，病毒传播了。军方派出了一支精英队伍平息了这起事件。一名队员被咬后逃跑。。。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
公元2005年突然入侵的宇宙海盗在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年以便改变历史，鲨鱼队长率领的战士，超星舰队！
