敌人是一个叫Deadmans的恶魔崇拜组织。他们使用邪恶封印的神秘封印来实现人类心中的恶魔,从而创造了一个被称为“死侍”的怪物。为了保护最重要的家庭成员免受Deadmans的魔爪之害,主人公五十岚一惠与体内寄宿的恶魔文斯签订了合同。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。