故事发生在一个不同的世界,被称为“食神者”的鬼魂潜伏在人群中,传播恐惧和危险。经过一场大规模而漫长的战争,人类最终以惨重的伤亡将吞噬者封锁在三道屏障后面。
这个获得强大魔法的女孩,尽管遭受了多次身心伤害,但仍然引导人类走向胜利,并最终结束了战争。但这只是一场新战争的开始。国际犯罪、不分青红皂白的恐怖袭击、内战、争端。魔法女孩的战斗还没有结束--
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。