瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作,于是开始了在城市各处的奔走,在此过程中,只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面,与此同时,瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此,瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音(喜多村英梨 配音),希望后者能够解答他的疑惑,哪知道在两人调查的过程中,瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。
为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量,玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森,并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失,被封印上百年的力量开始复活,玛瑙丸变得愈加强大。与此同时,玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴,使犬夜叉一方陷入苦战;另一方面,戈薇的意识被玛瑙丸控制,她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印,之后更被桔梗推入枯井,穿越时空回到了现代……