《堀桑与宫村君》以片桐高校为舞台,女主角是有着华丽的外表,同时成绩优秀、家务万能的人气美少女堀京子。某天,她弟弟创太受伤之后被陌生的“耳环男”送了回来,而这华丽耳环男的实体竟然是班上“天然无神经”的土气男生宫村伊澄。
与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近
她们只偷那些曾经是父亲的藏品,希望借此寻找到失踪的父亲的蛛丝马迹。而二妹来生瞳更是特殊,因为她的男友正是要逮捕“猫眼三姐妹”的年轻警察。真相与爱,黑夜中游走的三姐妹在一次次犯罪中找寻这些问题的答案。