游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
Lan明亮的外表和外向的性格吸引了Ayi的注意，但更重要的是，当Ayi和Lan的手互相触碰时，他们实际上回到了古代日本！最初，兰的实体已经在第二次世界大战期间死亡。现在，出现在阿依面前的是一种被称为“幽灵身体”的存在。当幽灵身体遇到特定的角色时，它可以激活穿越时间的能力。在咖啡店里，越来越多的幽灵聚集在一起。在对过去的渴望和悲伤中，兰和阿依产生了一种超越时空的爱。
在媒体上，目前有一项任务是摧毁正在建造的阿尔忒弥斯连接月球和地球的轨道升降机。这是因为在月球上大规模生产的庞大机器大军将大量来到地球。然而，死去的大师和本应是同伴的力量，以及作为阿尔忒弥斯尖端的无人军队的军队，以及邪教组织[教育机构]的smiley将受到阻碍。当各种猜测交叉时，皇后号瞄准了上校的轨道升降机。接下来会发生什么？
