新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
普通高中生筒井光(佐野勇斗 饰)是一个二次元超级发烧友,他的爱好不被周遭所理解,只有另一个发烧友伊东悠人(ゆうたろう 饰)深深了解对方的处境和心情。因为游泳课迟到,他与学校内的超级大美女五十岚色叶(中条彩未 饰)被罚打扫卫生。