14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。
人类最终战争后的世界,大地被黑森林所覆盖,人类只能在被结界守护着的少许土地上生存。被病原体入侵的人类只要靠近天然的火身体就会燃烧,而唯一能够安全使用的火只能通过狩猎栖息在黑森林深处的黑色怪兽“炎魔”采集。
故事发生在时空的未来,狗流感的爆发导致市长(野村配音)颁布了一项狗流放法,将城市中的所有狗都安置在一个“垃圾岛”上,并允许它们自己生存,市长的护卫犬点点(Levy Schreiber饰演)首当其冲。