无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?
董孔玉(小野优树配音)从小就比大多数人有更强的灵感,经常被鬼魂附身。因此,生活从来都不是很顺利,他甚至背负着巨额债务。无奈之下,董孔玉只找到了一个地方避难,就这样来到了名为瑶瑶村的温泉酒店。
在都内的某所高中,某天转入了两位转学生。她们是认真而天然、无法判断其言行的洲崎绫,以及展露天真烂漫的笑容、发呆吐槽皆有所长的西明日香。时而困惑时而爆笑,明日香和绫今天也度过快乐的一天。