来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。为了追踪叛忍百足,五代目火影网手(胜生真沙子 配音)命令大和(小山力也 配音)率领小樱(中村千絵 配音)、漩涡鸣人(竹内顺子 配音)、佐井(日野聪 配音)等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉,很久以前被第四代火影封印。