在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」,第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」,这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」,所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。
随着禁令的颁布,永恒之酒的下落逐渐成为一个谜。然而,几年后,关于其重出江湖的消息再次广为流传,在纽约黑社会掀起了涟漪。年轻的Lofi(吉野裕行配音)、不朽的炼金术士Alowa(宫本配音)、傲慢无忧无虑的夫妻Isaac(小野坂配音)和Havent(青木静香配音),他们都从未有过相同的身份,也走到了一起,追寻永生之酒的下落。
另一方面,伊索贝试图切断与爱上他的科梅的关系。他开始为一个因欺凌而自杀的哥哥赎罪。