《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
就在这时,这位愚蠢的统治者按下了核武器按钮,摧毁了世界,在随后的爆炸中,Tochi和Kenshiro被分开了。多年后,Tochi的健康状况持续恶化,他逐渐走到了生命的尽头。然而,他和饶之间仍然有一个未完成的协议,这正是他们兄弟无法逃脱的命运。。。本片根据哲夫将军和五轮尊的经典漫画《北斗神拳》改编,是《真救世主传奇北斗神拳传》的第四部。