无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?
天使の立会いの下におこなわれる公式試合での勝者となった者は、敗者にどんな命令でも下すことができるのだ。自慢の武器を奪うもよし、奴隷として仕えさせるもよし、そして現女王を倒しその座を奪う事すら許される!辺境貴族の娘エリナは、すべてを捨てて美闘士となり出奔した愛する姉レイナを追って、自らも旅立つのであった。