2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー・夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。
故事发生在二十一世纪末,彼时,魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中,而是同科学与超能力融合,成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校,专门培养此方面的人才,以便更好的为国家效力。
故事发生在名为宫神学园的私立高中内,在这所学校里,存在着一个权利凌驾于教职员之上的学生会组织,名叫极上生徒会,在这所以学生为中心运作的学校里,极上生徒会不仅要维系学校正常的运作,还要解决发生在校园里的大大小小的麻烦。