然后,是各式各样把迷惑与决意藏于胸口,前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台,学生们在学园国家间的抗争正式上演了!
2010年日本八千代市,小学教师市川新市(哀川翔 饰)功不成名不就,老婆有外遇,女儿又在做援助交际。事业生活一团糟的市川无力改变这一切,只能采取逃避现实的态度来对待。
市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan(由Yumu Bi配音)的大二女生和她的朋友Sayega美树(由Hidamura秀吉配音)和仁美智珠(由Shinagai Ryoko配音)讨论浪漫话题,享受年轻女孩的快乐青春。就在这时,一个叫小美彦(斋藤千和配音)的新生来到了班上,这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上,小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声,而正是严小美在追赶它。在关键时刻,他们得到了魔法女孩巴玛米(水桥翔之配音)的帮助,巴玛米也是神奈原高中的学生,并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版,分三部分上映,由电视版12集改编而成。