也许在过去,也许在未来,人类将大规模地殖民宇宙。当人口扩大到5000亿时,分散在宇宙各个角落的人类回到了他们的家园地球,但这引发了一场伤亡惨重的回归战争。为了保护地球上的这片圣地,人类制定了盖亚制裁措施,规定任何人都不得触碰。
为了保护数码世界和数码兽,四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界,造成了危险和混乱,启人和好友牧野留姬(折笠富美子 配音)、李健良(山口真弓 配音)一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此,朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽,追随着古乐兽的踪迹,启人一行人闯入了数码世界,展开了大冒险。
另一方面,伊索贝试图切断与爱上他的科梅的关系。他开始为一个因欺凌而自杀的哥哥赎罪。