由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
