宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...
50年前,打算成为真正怪物的犬夜叉为了获得四魂玉,遇到了强大的精神女巫桔梗。在一起呆了一段时间后,两人发展了关系。犬夜叉因此希望成为人类,桔梗也计划在净化四魂玉后回归普通生活。然而,对桔梗怀有邪恶想法的偷蜘蛛将自己的灵魂和身体交给了怪物,然后转世成为邪恶的半恶魔奈良。在他的唆使下,犬夜叉被桔梗封印在神木上,身受重伤的桔梗也在悲伤和绝望中死去。桔梗转世的卡格救了犬夜叉,但不小心把四魂玉射成了碎片。为了取回碎片,她和她的同伴,包括七宝、弥勒、珊瑚,以及犬夜叉一起踏上了一段充满困难和障碍的旅程
那仍然是一个人类世界和非人类世界不可分割的时代。从亨德里克森和德雷福斯的统治下夺回王国的“七宗罪”,伊丽莎白和霍克。王国的诞生仪式也和平结束,和平终于降临到利奥身上