故事发生在一所名为第三届东京西弘NERV的学校，校长是严肃沉默寡言的德川一原（Tomohiki配音）。作为校长的儿子，日娜·真嗣（由绪方惠美配音）感受到了很大的压力。
时间缓缓流淌，16岁的东京少女松前绪花（伊藤加奈惠 配音）在外婆（久保田民绘 配音）经营的温泉旅馆喜翠庄度过了一段快乐而难忘的时光。石川县迎来秋高气爽的时节，和仓结名（户松遥 配音）被福屋老板娘拜托来到喜翠屋修行，这个快乐外向的女孩令这里增添不少的生气。结名在打扫时不小心弄乱存放杂物的房间，绪花赶来收拾时，偶然发现了一本豆丁爷爷的日记。令她颇感意外的是，里面记录了母亲皋月（本田贵子 配音）年轻时候的叛逆经历，以及她在十数年前与外婆争吵、和绪花的父亲邂逅的往事。 本片为P.A.Works公司成立十周年原创纪念作品，是同名动画片的剧场版。
自从七原秋也与中川典子从新世纪教育法（简称BR）中逃出，两年转眼就过去了。人类社会进入了恐怖主义时代！首都在反BR国家的恐怖分子的袭击下，化为一片废墟。政府当局认定凶犯为七原秋也，开始了对其国际通缉。
