三人回忆起小学时光,约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里,他们居然遇到了归国的松冈凛(宫野真守 配音)。意料之外的是,昔日战友凛性情大变,还对遥发起挑战,结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部,经过多番努力后,终于招募到了新成员龙崎怜(平川大辅 配音),他们以县大赛冠军为目标,进行紧张的集训。另一方面,凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定,要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部,在这个夏天,开始了关于友情与青春的Free!故事。
在他的葬礼当晚,一名神秘女子拜访了因病去世的大学教授平川诚司(小田贤二饰)的妻子,但没有人。之后,广川大学的校长也突然去世,新校长的选举引发了一系列的怀疑和矛盾。奇怪的事情变得越来越普遍,甚至在周围的垃圾堆里发现了尸体。