因为命运的牵引,四月一日走进了一家奇怪的店里,这是一家可以帮客人实现任何愿望的店,但是店主人壹原侑子(大原沙耶香 配音)同时要拿走和这愿望对等的代价。侑子答应帮四月一日实现远离鬼怪的愿望,而作为代价,四月一日要留在店里打工。 有一天,一个阴郁的少女走进店里,委托侑子实现自己的愿望。由此,侑子、四月一日和百目鬼三人来到了一所诡异的豪宅里。在这里,他们遇到一群奇奇怪怪的收藏家,同时,四月一日在这所大房子中遭遇了各种各样的灵异事件,犹如在仲夏夜里做了一场诡秘的梦……
小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面,在亚速特王国的超级机构城市,贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说,在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量,贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧?Polkenyon和Majana的起源是什么?他们如何携手对抗贾维斯,拯救亚速特王国?马吉安娜的最终命运是什么?神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始!