在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
然而，只有一个人主动接近她，那就是爽子的同学——英俊而受欢迎的风早笑（郎川大辅配音）。由于向太的努力，学生们逐渐接受了爽子，爽子也意识到了同龄人应该有的幸福。时间已经过去，在昭子和相太的心中，生长出了某种难以言喻的情感。橙色的青春是如此难忘。。。这部电影改编自Kazumi Seizo的原创漫画。
