与此同时,来自国外的红发学生明日香(宫村洋子配音)和玲博丽(林惠美配音)一分为二,以姐妹身份出现,给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外,原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型,取代了原作沉重严肃的氛围,描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计,搭配逼真的背景和2D拼接,创造出多样化的绘画风格。
为了寻找自己命运的线索,埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜(上田丽奈 配音)、好爽奔放的强壮青年塔奥(江口拓也 配音)、我行我素不拘小节的少女诗音(久保田未梦 配音),一路上,埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们,在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
在不久的将来,日本政界人士将正式启动“ARK计划”,以提高智能机器人的研究水平,从而促进社会发展。光明寺的Nobuhiko医生(由长岛一郎饰演)秉持着正直的态度,参加了此次活动。然而,相关负责人实际上有意以“ARK计划”为幌子开发军用机器人。