2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。
这一次，《公安九课》帮助《公安六课》秘密解决了一名程序员逃往另一个国家的麻烦和琐事，还卷入了传说中的黑客“傀儡老师”的犯罪事件。就在行动陷入僵局的时候，木偶老师竟然不请自来，出现在了公安九班！苏西和她的同志们在不知不觉中卷入了一场涉及政府的阴谋。
这是一个黑白颠倒欲望横行的罪恶时代，贫富差距的急剧增大直接导致了罪恶和仇恨的火种开始暗自燃烧。在六木本俱乐部中有着一个关于“女神”的传说，传说中，只要得到了女神的祝福，便能够实现所想的愿望。
