《光灵：武士之魂》是《光灵》的衍生作品，背景是同一个宇宙，但这回来到日本的幕府末期与明治时代之间，浪人伊藏与半兽人雷登并肩合作，护送拥有魔杖的精灵小女孩前往北方的精灵国度……
三好假释的数日后，难波（中谷一郎 饰）被杀，幕后操纵者青木（若山富三郎 饰）转而求助广岛最大的组织海津组。以海津组为后盾，并联合难波组第二代头领野崎（室田日出男 饰），最终逼迫山守组组长（金子信雄 饰）退位。登上顶峰的青木成为众矢之的，险被暗杀开始图谋反击的三好、被迫退位阴谋复辟的山守以及誓为组长报仇的难波组第二代关胜（松方弘树 饰）等人全都伺机而动。一场搅和了阴谋与仁义的黑帮战争即将爆发……
小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面，在亚速特王国的超级机构城市，贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说，在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量，贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧？Polkenyon和Majana的起源是什么？他们如何携手对抗贾维斯，拯救亚速特王国？马吉安娜的最终命运是什么？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
