14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
一场大火烧毁了初中生南云隆（山田美玲配音）赖以生存的公寓。此外，父亲不见踪影，一贫如洗的南云在茫茫城市中漫无目的地游荡，最终昏倒在街头。幸运的是，南云得到了一名女大学生和志敏儿（高桥智秋配音）的帮助。
剧情可以追溯到2006年，当时白宫发现总统的机密文件被黑客入侵，并召集了由莱昂领导的特工团队。然而，在搜索过程中，突然停电，并发生了僵尸袭击。
