一天,一只名叫伊卡洛斯的未知生物(由仔沙沃配音)降落在智树旁边,她有一张可爱的脸,但背上有巨大的翅膀。梦想中的一切都变成现实了吗?善良的智慧树收留了伊卡洛斯,他的温柔和真诚打动了这个被认为是无情的天使。之后,两位天使,宁夫(由伊祖基·诺伊希配音)和阿斯特里亚(由福原和树配音)也受到了智者树的影响,留在了他的身边。这些天使是从哪里来的?你为什么来这里?在他们的背后,似乎隐藏着许多不为人知的秘密。
宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...