在一次交通事故中,小林哲平(由三岛敏雄配音)永远失去了父母。此时,他的祖父有马义信(音,本木夫配音)出现在哲平面前,希望哲平能成为他的继承人,继承庞大的有马集团。
在亚美斯多利斯期间,爱德华・艾尔利克(朴璐美 饰)和弟弟阿尔方斯(钉宫理恵 饰)遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文(森川智之 饰),结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。
为了纪念CodeBlue剧场版于7月27日上映,富士电视台将于7月28日播出CodeBlue特别集《CodeBlue特别辑又一战场》,并于23日至27日下午0点25分播出五晚连续剧《CodeBlue又一天》。