故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系,可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同,同时剧情表达上和第一季一样,每话由不同故事构成,各自独立成章,却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力,不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
并不平静的一天,变身为假面骑士OOO的火野映司(渡部秀 饰)协同伙伴Ankh(三浦凉介 饰)与修卡战斗。谁知关键时刻,战局突然发生意外,一列时空列车DenLiner不期而至出现在二人面前。