凭借妥善处理巴提斯塔团队事件,田口公子医生(竹内结子 饰)被任命为东城大学附属医院伦理委员会委员长,位在沼田副教授(高岛政伸 饰)之上。某天,田口接到一封告密信,称急救中心主任速水晃一(堺雅人 饰)及护士长花房与文艺医疗用品供应公司存在不法勾当。与此同时,因伤住院的厚生劳动省调查员白鸟圭辅(阿部宽 饰)也接到类似信件。他和田口暗中展开调查,发现速水虽然医术高明,却任性固执,在医院上下早就树敌无数,因此对告密者的排查变得无比困难。与此同时,文艺公司销售员矶部突然坠楼身亡。真相扑朔迷离…… 本片根据海堂尊的原作改编。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。