为了防止基德得手,女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表,而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近,快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时,国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来,他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
在这期间,知贺渐渐发现自己好像爱上了会长,他情不自禁吻了他,二人的关系从此发生变化。 与此同时,一个神秘的入侵者潜入国齐家里,对他进行性侵犯。知贺及时赶到,救了国齐。对于国齐的遭遇,知贺感到后悔莫及,怪自己没有好好保护他。惊魂未定的国齐却掩盖了一个羞于启齿的事实:他把神秘人的侵犯当成了知贺的爱抚。以后他将如何面对知贺……