这是无序的抗战后、寻求各自的正义而战斗的“妖精兵”们的故事。
为了报答自己的罪过,挽回失去的一切,兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后,一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
善良的校长重浦清华(由Orikasa Fumiko配音)和幼儿园里可爱的孩子们感动了小久。她决定不再流浪,留在这里帮忙。在幼儿园里,小久结识了孤儿藤本清河(前野友树配音)。虽然清河经常对小九说粗话,但他还是表现出了自己的关心。此外,一些内心受到伤害的人逐渐聚集在小九的周围。在帮助他们的同时,小九的心也逐渐变得坚强起来。